南京市卫生监督所、疾病预防控制中心2001年6月18日正式挂牌成立，下属的建邺区、雨花台区、江浦县卫生监督所和疾病预防控制中心同时宣告成立，这是该市为建立统一高效的卫生监督防病体制而实行的重大改革。
多年来，南京市卫生监督和防病机构职能交叉，力量分散，一个病设置一个防病机构，一部法建立一支执法队伍，原有的卫生防疫站既承担政府公共卫生监督执法功能，又承担疾病防治和公共卫生服务任务，严重影响了卫生监督执法的公正性和疾病控制工作的有效性，改革势在必行。新成立的市卫生监督所和疾病预防控制中心分别由防疫站、职防所、皮防所、健教所和血防医院合并而成，卫生监督所的主要业务范围为：受理并承办卫生许可、资格认证及有关证书的发放、注册、校验等工作；依照法律法规进行预防监督和经常性监督；对违反卫生法律法规的行为进行调查取证并提出处罚建议等。疾病预防控制中心的职责是：研究提出疾病预防控制的规划和措施，实施对传染病、慢性非传染性疾病、地方病、职业病等的综合防治；从事卫生监督检查，为监督执法提供技术服务；实施健康教育；开展预防医学研究、预防保健服务和技术咨询等工作。
据悉，目前，南京市及3个区县卫生监督、疾病预防控制机构的内设机构已经完成，人员上岗到位，开始正常运转，其余区县的相关机构将在年底完成组建。
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